血液/免疫細胞參與所有人體組織的正常和失調功能。造血和血液/免疫紊亂研究受到單細胞技術突破的顯著推動。發現對造血譜系和分化軌跡的高分辨率區分。從胎兒到成人精心描繪了造血系統的發展，涵蓋了許多造血譜系，例如造血干細胞、巨噬細胞、樹突狀細胞、巨核細胞、先天淋巴樣細胞和T細胞。同時，許多類型的血液/免疫細胞的異質性通過單細胞測序進一步揭示，例如中性粒細胞、自然殺傷細胞、T細胞和骨髓細胞。另一方面，通過單細胞分析揭示了血液疾病進展和治療的新型細胞和調節機制。研究表明，惡性血細胞和干細胞的異質性是急性髓系白血病 （AML）、慢性髓系白血病 （CML）、急性淋巴白血病 （ALL）、骨髓增殖性腫瘤 （MPN）、再生障礙性貧血（AA）、淋巴瘤和多發性骨髓瘤（MM）的疾病發生和進展的基礎。發現了AML、CLL和MM的亞細胞型特異性藥物反應和耐藥機制。總之，使用單細胞方法的大規模研究成為血液學和免疫學研究的寶貴資源。然而，仍然缺乏血液學特異性的交互式再分析單細胞轉錄組數據庫。
        最近，中國醫學科學院北京協和醫學院血液病研究所團隊發布了一個血細胞的單細胞數據庫數據庫——ABC portal（http://abc.sklehabc.com），該數據相關文章發表在Nucleic Acids Res期刊（IF:19.160）。

        ABC portal是一個血液/免疫細胞特異性數據庫和工具，具有單細胞分辨率的血細胞類型，特別是造血干細胞/祖細胞（HSPC）的精選注釋。ABC門戶網站提供四個交互式模塊，用于探索和分析基因表達、細胞組成、基因特征和細胞間通訊。收集了111個造血和發育數據集和87個血液疾病數據集，所有這些都通過統一的分析管道。通過分別整合人類和小鼠的四個和六個數據集生成了精選的細胞類型參考。ABC中的所有數據集均通過兩個參考文獻統一重新標注，便于跨數據集比較。更重要的是，ABC允許在一個數據集中重新分析用戶選擇的數據子集或跨數據集進行比較。

ABC portal中的數據集
        目前數據庫中有122個人類數據集和76個小鼠數據集，來源類型主要包括骨髓、PBMC、臍帶血、胎肝等。有111個正常造血數據集和87個疾病相關數據集。與疾病相關的數據集包括12種血液疾病類型和26種與血液和免疫細胞相關的炎癥，感染和其他疾病的數據集。淋巴瘤、MM、AML和ALL是研究最常的血液系統惡性腫瘤。正常的造血數據集主要來自造血層次和造血系統發育的研究，涵蓋不同類型的造血譜系。同時，我們的數據庫包含來自各種平臺的數據集。

參考數據集
        在總共 198 個數據集中，有 64 個數據集具有原始單元格類型注釋。為了便于數據集的重用，除了來自出版物的原始注釋外，我們還分別為人類和小鼠數據集提供了統一的細胞類型注釋。統一的注釋是從我們建立的單細胞轉錄組參考轉移的標簽。
        對于人類參考數據集，我們整合了來自人類血細胞圖譜（ABC）項目的三個骨髓（BM）樣本、兩個胎兒骨髓（FBM）樣本和兩個來自人類細胞圖譜（HCA）的BM和兩個臍帶血（CB）樣本，以生成人類參考。將集成參考劃分為44個簇，并通過組合兩種類型的信息來確定簇的單元身份。首先，來自ABC數據集，HCA數據集和FBM數據集文獻的單元格注釋。二、規范標記基因的表達。比較BM，CB和FBM的細胞組成，GMP在BM和FBM中富集，HSC在CB和成人BM中富集。CD14單核細胞1富集于FBM，CD14單核細胞2富集于CB和成人BM，CD16+單核細胞富集于成人BM，幼稚B和幼稚T細胞富集于CB。

樣品選擇和過濾功能
        ABC門戶允許按物種、組織來源、疾病和出版物搜索數據集。ABC門戶的一個重要特點是，特定于數據集的過濾器及其組合可以實現定制的樣品選擇和重新分析。可以使用“+ 添加”按鈕有選擇地添加特定于數據集的過濾器。恢復樣品過濾器的不同組合，包括組織類型、患者表型、流式細胞術門控和治療，并可應用于所有分析模塊。例如，用戶可以從B-ALL樣品中選擇流式細胞術分選的CD45 +細胞進行后續分析和比較。此外，每個單元格的元數據在“元信息”選項卡中提供，數據預處理的步驟記錄在“處理”選項卡中。

應用模塊

        UMAP 模塊。
        該模塊包含兩個探索功能。一個功能是多級細胞標注，包括原始樣本信息、原始細胞類型標注（如有）、統一細胞型標注和惡性腫瘤。用戶可以通過滑塊按鈕在原始注釋和統一注釋之間輕松切換。特別地，我們提供了一個開關按鈕來顯示惡性細胞的可能細胞類型，這允許用戶探索惡性細胞的特征和異質性。例如，顯示B-ALL樣本中的惡性細胞大多是前B細胞和前B細胞。另一個功能是通過UMAP和小提琴圖進行基因表達可視化。例如，DNTT是B祖細胞的標記基因，在惡性細胞中高度表達GSE153697數據集。這些結果證實了細胞類型和惡性細胞注釋的準確性。還可以比較給定細胞類型、細胞類型或惡性腫瘤的樣本之間的基因表達。

        表達式模塊
        該模塊顯示所選簽名中基因的量表表達以及所選基因集的AUCell評分。除了規范基因集外，我們還從文獻中收集了15個與血液疾病相關的基因集，以方便用戶進行分析，例如“AML LSC +基因”標記。該模塊允許比較所選細胞類型中患者或不同細胞類型的特征表達，指示患者之間的特征差異或不同細胞類型的特征富集。例如，AML樣本中“AML LSC +基因”基因在細胞類型中的表達表明，白血病干細胞相關基因在HSC / MPP，LMPP和GMP中高表達。