蛋白質是細胞的結構、功能和進化單元。在它們的表面,蛋白質被塑造成許多凹陷和突起,為配體結合和催化提供獨特的微環境。這些空腔的動力學、大小和化學性質對于蛋白質功能的機制理解至關重要。
CaviDB,一個關于已知蛋白質結構中空腔及其特征的新數據庫。它將常用空腔檢測軟件的結果與序列、結構和功能分析得出的蛋白質特征相結合。CaviDB中的每一種蛋白質都與其相應的構象體相連,這也有助于研究空腔中的構象變化。
https://www.cavidb.org/
CaviDB的使用很簡單,只需提供蛋白的PDB ID、UniProt ID、UniProt條目名稱或Alphabold ID,數據庫將自動加載與搜索相關的所有鏈及其一般數據,包括它們的長度、預測的腔數和相關的交叉引用標識符。以P42898為例:
點擊眼睛跳轉至該條目的詳情頁,包括:
1. 蛋白及對應基因的ID、蛋白結構展示:
2. Druggable腔(Druggability score>0.5)用圖標標記,并且可以通過位于序列可視化之前的按鈕進行選擇或取消選擇。
每個條目的主要結構可以以兩種不同的表示形式顯示:字母湯和類似周期表的可視化。
3. 蛋白詳細描述