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25分高分文章做了些什么---全基因組測序(WGS)

欄目:最新研究動態 發布時間:2019-12-04
鼻咽癌(NPC)是一種具有獨特地理分布的惡性腫瘤,在全球大多數地方很少見,發病率可達20-40人/10萬人/4年......

   鼻咽癌(NPC)是一種具有獨特地理分布的惡性腫瘤,在全球大多數地方很少見,但在我國南方地區是一種非常常見的癌癥,發病率可達20-40/10萬人/4年。
   愛潑斯坦-巴爾病毒(EBV)是一種與NPC、胃癌、淋巴瘤有關的人類病毒,對自發性淋巴母細胞系和EBV相關疾病的EBV基因組測序表明,不同地理起源的EBV分離株之間存在重要的基因組變異。因此,研究者希望通過EBV全基因組測序(WGS)尋找我國南方NPC高風險的EBV亞型,為確定NPC高危人群提供依據。

一、EBV全基因組測序+ Fine-mapping確定與NPC相關的EBV突變
研究者對270EBV分離株進行全基因組測序,這些分離株包括自EBV相關癌癥(NPC、胃癌、淋巴瘤)的分離株和來自我國NPC流行地區(廣東省、廣西省)的健康對照和非流行地區的健康對照。

從主成分分析看,EBVPCA1的分布是連續的(從非洲、歐洲到亞洲),在PCA2的分布部分分離(亞洲NPC流行區、NPC非流行區)。從基因型看,BALF2的突變SNP162215SNP162476SNP163364為高風險基因型。

二、探索三種
SNPNPC的關系

156SNP47例對照進行全基因組關聯分析,發現SNPs 162507C>T, 162852G>T and 162215C>A NPC患者全基因組中呈顯著差異。

進一步驗證三個SNPNPC的相關性,發現與162476T> C163364C> T相比,SNP 162215_C不太可能成為NPC的風險變異體。
總結:
這一研究不僅發現了我國南方
NPC高風險EBV亞型,還提供了一個新的研究方向:EBV亞型和SNP是如何促進NPC腫瘤發生的。